En 1917, un grupo de fanáticos al béisbol decidieron formar un equipo de pelota y encontrándose reunidos como de costumbre en el bar “Back Stop”, el dueño del establecimiento, Antonio Benítez, propuso el nombre de Magallanes, el cual se impuso tras una votación. Algunos comentan que el nombre ganó por un voto, de acuerdo a la historia.
Así que a comienzos de 1918, el conjunto se estableció en Catia, e inician las prácticas a fin de seleccionar a los peloteros que defenderán el equipo. En enero de ese año el Magallanes fue inscrito en el llamado campeonato nacional y en su primera participación, pero es derrotado 20 a 6 por el conjunto Flor del Ávila, aunque se desquitó en la siguiente salida, rápidamente las derrotas superaron a las victorias y el equipo decidió retirarse del torneo.
Una década después, Benítez reactivó el sueño, pero su regreso fue breve, ya que fueron eliminados en su primer juego por Estrella Roja, este tropiezo no los detuvo, pues Magallanes se reforzó con figuras de peso: Balbino Inojosa, “Pollo” Malpica, Gustavo Coronel, y talentos internacionales como Ernesto Sánchez, Juan Camarón Sosa y el mánager cubano Lázaro Quezada. En 1929, vencieron al Santa Marta y al Royal, encendiendo una rivalidad que marcaría época.
Para 1930, Magallanes se instaló en la élite, participando en la segunda Serie Nacional junto a Cincinnati, Royal Criollos y otros titanes. Bajo la dirección del boricua Benito Torrens, y con la llegada de “Pancho” Coimbre, el equipo conquistó su primer título. Sin embargo, los años siguientes fueron difíciles: segundo lugar en 1931, tercero en 1932, y luego el retiro, diezmado por el poder económico del Concordia.
Desde su creación en 1945, participa en la Liga Venezolana de Béisbol Profesional. En 1955, fue inaugurado el Estadio José Bernardo Pérez, el cual cuenta con 14 mil 638 asientos y una capacidad, o aforo total, de 16 mil espectadores.
Es el segundo club con más títulos en Venezuela y el 6° del Caribe en cuanto a victorias. Fue el primer equipo venezolano en ganar una Serie del Caribe, además ganó dos Series del Caribe en una misma década.
En 1969 retorna a la liga tras una breve desaparición, esta vez teniendo como sede la ciudad de Valencia, ya que radica en Caracas. Tras su llegada, disfrutaron de unos 70s con varios títulos, entre ellos dos Series del Caribe, sin embargo, en la década de los 80 sufrieron una gran sequía. Durante la década de los https://www.notitarde.com.ve/deportes/87856/real-madrid-le-gana-21-el-clasico-al-barcelona-en-el-bernabeu y posteriormente dos títulos más en las temporadas 2012-13 y 2013-14.
Su rival histórico son los Leones del Caracas, con quien disputa el Clásico de los Eternos Rivales, siendo este uno de los encuentros de mayor rivalidad del béisbol de Venezuela y del Caribe.