Iztueta debuta en la historia de la independencia muy temprano, en julio de 1811. Desde Valencia el día 11, un grupo de canarios y vascos (ente estos últimos Iztueta) acompañados de algunos venezolanos, especialmente pardos y mulatos, se rebelan contra la declaración de independencia de Caracas.
Francisco de Miranda, describe la situación:
“Don Pedro Peñalver…nos suplicó que aproximásemos el ejército a dicha ciudad, pues se hallaban las autoridades oprimidas por los Europeos y Pardos, que se oponían …a Caracas”
Después de varios días de sangrientos combates, las tropas de Miranda toman Valencia y hacen prisioneros a los cabecillas. Entre ellos cayó Iztueta, junto a Melchor Somarriva, Clemente Britapaja, José Antonio Guevara y otros, quienes fueron encarcelados en el Castillo de Puerto Cabello.
Un año después vuelve a aparecer Jacinto Iztueta, todavía prisionero, en otro episodio fundamental de la historia: El 30 de junio la guarnición del Castillo se subleva contra la República enarbolando la bandera del rey. La revuelta es liderada por el oficial patriota Francisco Fernández Vinoni, secundado por Iztueta y otros prisioneros que convencieron a Fernández Vinoni que se “pasara”. El coronel Simón Bolívar, no puede sofocar la rebelión, perdiendo la plaza con todo su arsenal y la importancia del puerto. Esta es la gran derrota de Bolívar que será causa fundamental de la pérdida de la primera república.
Volvemos a encontrar a Iztueta en 1823, ahora en el punto final de la guerra. Está en Puerto Cabello, donde es un próspero comerciante. A diferencia de casi todas las otras ciudades de Venezuela, que alternativamente han pasado de manos de republicanos a monárquicos, Puerto Cabello no ha sido tomado nunca por los independentistas. El ejército realista ha sido vencido y apenas conserva como último enclave la ciudad amurallada porteña, que ha sido sitiada varias veces y es el refugio de los realistas que huyen derrotados de todo el país. Cada vez hay más hacinamiento y menos provisiones. Las autoridades militares, tienen serios enfrentamientos con las autoridades municipales que velan por los intereses de la gente, mientras que los militares realistas dan prioridad a sus operaciones afectando a los civiles.
Páez, sitiador de la población, tiene que tomar la ciudadela, pero no tiene naves suficientes para hacerlo por mar hacia el oeste, y tomarla por un ataque frontal contra las murallas es casi suicida. Por el oriente hay un pantano que parece imposible de franquear, tanto así que es el único punto que casi no está defendido.
Entonces Páez, entra en contacto con los porteños. Por medio de mensajeros secretos trata de lograr una rendición o hasta un “golpe de estado” contra las autoridades. Páez dice que tiene un “partido secreto” dentro de la ciudadela que trabajan por rendir la población, pero estos métodos fracasan ante el desespero de los porteños.
Finalmente, en noviembre de 1823 Jacinto Iztueta, el antiguo realista recalcitrante, le ofrece a Páez la solución: Su esclavo Julián conoce un sendero por el pantano que permite cruzarlo con el agua al cuello para llegar a la ciudad por el flanco desguarnecido. Páez ordena a sus hombres de confianza que verifiquen con el esclavo la factibilidad del sendero del pantano y los oficiales regresan con resultados positivos.
La madrugada del 8 de noviembre 500 soldados de Páez en total oscuridad y silencio atraviesan ochocientos metros del pantano por la senda indicada por Julián y de manera sorpresiva asaltan la ciudadela. En una brutal operación aniquilan a los defensores en un corto combate. Es el último combate en la guerra. De manera definitiva ha finalizado la guerra. Luego Jacinto Iztueta es nombrado primer alcalde del Puerto Cabello republicano.
